No ano de 1686 foram concedidas sesmarias medindo sete léguas de comprimento por sete de largura acima do rio Sabugi e estendendo-se por uma légua abaixo da serra do Sabugi. As áreas foram entregues a Francisco Barbosa, José Barbosa Diniz, Antônio Martins do Vale e ao alferes Pascoal Rodrigues do Vale, considerados os primeiros situadores de povoação.
A região era habitada pelos índios Cariris, afastados da área após intensas perseguições feitas pelos situantes, nos idos do século XVIII.
Com o afastamento dos Cariris, apresentaram-se no território vindos de Serra Negra e de Caicó, trabalhadores do campo em busca de novas terras para a implantação de lavouras e fixação de moradia.
A povoação realmente teve início a partir da doação feita por dona Ana Joaquina de Souza, viúva de Francisco Correia de Souza, em 1832, de uma faixa de terra da sua Fazenda São João para a construção de uma capela em homenagem a São João Batista.
Entre os primeiros povoadores pioneiros, destaca-se a figura do Tenente Antônio de Medeiros Rocha Filho, lutador pelo crescimento da comunidade.
A primeira escola chegou à localidade no ano de 1855. Em 1868 o povoado foi elevado à categoria de distrito, com o nome inicial de São João do Príncipe. Vinte e dois anos depois, no dia 7 de julho de 1890, o distrito passou a se chamar São João do Sabugi em referência ao rio Sabugi, em cuja margem o povoado nascera.
O povoado de São João do Sabugi assumiu a condição de sede do município de Serra Negra entre o período que vai de 27 de maio de 1932 a 13 de dezembro de 1935, elevado a vila.
O então Prefeito de Serra Negra, José Maria de Souza Lima, o bisneto da fundadora Ana Joaquina, sonhava com a emancipação local, mas faleceu em 1944 sem ver seu sonho realizado.
No dia 23 de dezembro de 1948, através da Lei nº 146, São João do Sabugi desmembrou-se de Serra Negra do Norte, tornando-se município do Rio Grande do Norte.
Gentílico: sabugiense

Distrito criado com a denominação de São João do Sabugi, pelo decreto estadual nº 603, de 3110-1938, subordinado ao município de Serra Negra.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de São João do Sabugi figura município de Serra Negra
Pelo decreto-lei estadual nº 268, de 30-12-1943, o município de Serra Negra passou a denominar-se Serra Negra do Norte.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de São João do Sabugi, figura no município de Serra Negra do Norte.
Elevado à categoria de município com a denominação de São João do Sabugi, pela lei estadual nº 146, de 23-12-1948, desmembrado de Serra Negra. Sede no antigo distrito de São João do Sabugi. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1949.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.